Comprèn les actuacions de control sobre operacions finançades en tot o en part amb càrrec als Fons Estructurals i d'Inversió Europea (FEDER, FSE, Fons de Cohesió, FEMP i FEADER), el FEAGA , el FEAD i la resta de fons europeus, així com la coordinació dels controls assignats a altres unitats depenents de la Intervenció General de l'Administració de l'Estat i del Sistema Nacional de Control de Fons Comunitaris, exercint per a això les funcions assumides per aquella com a Autoritat d'Auditoria en aquesta matèria i en particular les relacions amb les Institucions Comunitàries i Nacionals.