Correspon a la IGAE realitzar el control financer de les subvencions i altres ajudes públiques que hagin estat concedides pel sector públic estatal.
Aquest control s'exerceix respecte als beneficiaris i les entitats col·laboradores i es regula en el Títol III de la Llei 38/2003, de 17 de novembre, General de Subvencions i en el seu Reglament de desenvolupament (Reial decret 887/2006, de 21 de juliol).
L'exercici del control financer de subvencions s'adequarà al pla anual d'auditories i les seves modificacions que aprovi anualment la Intervenció General de l'Administració de l'Estat.
Com a resultat del control, la Intervenció General pot proposar a l'òrgan que va concedir la subvenció que exigeixi el reintegrament total o parcial de la subvenció i que instrueixi l'oportú expedient sancionador.
També correspon a la IGAE administrar la Base de dades Nacional de Subvencions; d'acord amb la normativa nacional i comunitària sobre transparència de subvencions i ajudes públiques, es pot accedir al seu contingut a través d'aquest
enllaç..