O apartado 4 da disposición adicional vixésima quinta da LGS establece que o Servizo Nacional de Coordinación Antifraude estará asistido por un Consello Asesor presidido polo Interventor Xeral da Administración do Estado e integrado por representantes dos ministerios, organismos e demais institucións nacionais que teñan competencias na xestión, control, prevención e loita contra a fraude en relación cos intereses financeiros da Unión Europea. A súa composición e funcionamento determinaranse por Real Decreto.
Mediante Real Decreto 91/2019, do 1 de marzo, regúlase a composición e funcionamento do Consello Asesor de Prevención e Loita contra a Fraude aos intereses financeiros da Unión Europea que se configura como un órgano colexiado de carácter consultivo de asesoramento e de apoio do SNCA, que ten por finalidade asistir ao citado Servizo no exercicio das funcións. No CAFUE están representados dunha maneira ampla os órganos, entidades e institucións nacionais que teñen competencias en materia de xestión, control, prevención e loita contra a fraude no este ámbito, e que, por tanto, participan dunha ou outra maneira na adopción e execución de ditas medidas e actuacións. O CAFUE configurouse como un instrumento esencial para garantir a cooperación efectiva entre todos os axentes implicados nas diferentes fases do ciclo antifraude (prevención, detección, investigación e recuperación/sanción) e para que o SNCA poida desempeñar adecuadamente a súa función de coordinación no ámbito da prevención e loita contra a fraude, contribuíndo así a proporcionar unha resposta integrada e eficaz das institucións ao fenómeno da fraude aos intereses financeiros da UE.
O CAFUE pode funcionar en Pleno, Comisión permanente ou a través de Comisións que sexan constituídas no seu seo. Actualmente están constituídas a Comisión para a análise e revisión da normativa antifraude e a Comisión para a Estratexia Nacional Antifraude.