Corresponde ao IGAE realizar o control financeiro das subvencións e demais axudas públicas que fosen concedidas polo sector público estatal.
Este control exércese respecto dos beneficiarios e as entidades colaboradoras e regúlase no Título III da Lei 38/2003, de 17 de novembro, Xeneral de Subvencións e no seu Regulamento de desenvolvemento (Real Decreto 887/2006, de 21 de xullo).
O exercicio do control financeiro de subvencións adecuarase ao plan anual de auditorías e as súas modificacións que aprobe anualmente a Intervención Xeral da Administración do Estado.
Como resultado do control, a Intervención Xeral pode propor ao órgano que concedeu a subvención que esixa o reintegro total ou parcial da subvención e que instrúa o oportuno expediente sancionador.
Tamén corresponde ao IGAE administrar a Base de Datos Nacional de Subvencións; de acordo coa normativa nacional e comunitaria sobre transparencia de subvencións e axudas públicas, pódese acceder ao seu contido a través de
leste.