Finantza-eragiketen gaineko kontrol-jardueren artean barne hartzen dira, guztiz edo zati batean, Europako Egitura eta Inbertsio Funtsen kargura (EGEF, EGIF, Kohesio Funtsa, FEMP eta LGENF), Nekazaritza Bermerako Europako Funtsaren, ELEFaren eta Europako beste funtsen kargura daudenak. Era berean, Estatuko Administrazioko Esku Hartzailetza Nagusiaren eta Eskualdeetako Funtsen Kontrol Sistema Nazionalaren baitan dauden beste unitateei esleitutako kontrolak ere koordinatzen ditu, eta horretarako, Kontu Ikuskaritza Agintaritza lanak egiten ditu alor honetan eta, bereziki, Erkidegoetako Instituzioekin eta Instituzio Nazionalekin izaten ditu harremanak.