Comprende las actuaciones de control sobre operaciones financiadas en todo o en parte con cargo a los Fondos Estructurales y de Inversión Europea (FEDER, FSE, Fondo de Cohesión, FEMP y FEADER), el FEAGA , el FEAD y el resto de fondos europeos, así como la coordinación de los controles asignados a otras unidades dependientes de la Intervención General de la Administración del Estado y del Sistema Nacional de Control de Fondos Comunitarios, ejerciendo para ello las funciones asumidas por aquélla como Autoridad de Auditoría en esta materia y en particular las relaciones con las Instituciones Comunitarias y Nacionales.
Asimismo, incluye las actuaciones de control así como de coordinación de controles asignados a otros órganos de control, como consecuencia del ejercicio de las funciones que tiene atribuidas la Intervención General de la Administración del Estado como Autoridad de Control del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia (MRR).